購入したモニターアームが取り付けられないです。

DIYや工具、機械部品など全くわからない者です。
デスクの板に挟みこんで使うモニターアームを購入したのですが、ネジを締めたときに、ネジが長すぎる為に写真のように下側の木板が邪魔で斜めに取り付けられる形になってしまい、不安定になってしまいます。
上側の木板と下側の木板の間の空間内にネジが完全に収まるように、写真の赤線あたりでネジを切ろうと考えているのですが、上側の板の下面に接している金属の部品からネジを外せないため、ネジを切ると青丸で囲んだ、黒い部品が無くなってしまうので、切ったネジをペンチか何かの工具で締めることってできるのでしょうか？
それとも青丸で囲んだ部品の代わりになる何かをつけたりするんでしょうか？
また、そもそもネジを切ることさえできない場合、どうすれば良いか、アドバイスをお願いします。